灰指甲主要是由皮肤癣菌感染引起的，约95%的灰指甲是皮肤癣菌导致的。
一、自身因素
免疫力低下： 当人体自身免疫力较低时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人群，更容易受到真菌的侵袭，从而增加患灰指甲的风险。一般来说，免疫力低下的人群感染真菌引发灰指甲的概率比正常人高很多。指甲受损： 指甲受到外伤、经常美甲等情况会使指甲的屏障功能受损，真菌就容易侵入。比如经常做美甲的人，美甲过程中可能会对指甲造成微小损伤，为真菌的入侵打开方便之门。
二、外部环境因素
潮湿环境： 在温暖潮湿的环境中，真菌更容易生长繁殖。像经常穿不透气的鞋子，脚部长期处于潮湿状态，就为真菌滋生创造了条件。比如在南方的梅雨季节，空气湿度大，脚部出汗后鞋子不透气，就很容易引发灰指甲。公共场合接触： 在公共浴池、游泳池、健身房等公共场所，接触到被真菌污染的物品，如拖鞋、毛巾等，也可能感染灰指甲。例如在公共泳池赤脚行走，就有可能接触到带有真菌的池水而被感染。
三、传播因素
直接接触传染： 与患有灰指甲的人直接接触，比如握手、共用生活用品等，都可能被传染。如果家人中有患灰指甲的，一起使用毛巾、拖鞋等就容易被传染上。间接接触传染： 通过接触被真菌污染的物品间接传染，比如在外面穿了被真菌污染的鞋子等。如果在外面穿了公共场合的鞋子，就有感染灰指甲的可能。