胎儿停育最主要原因中，染色体异常是重要因素，约50%~60%的早期胎儿停育与染色体异常有关，包括数目异常和结构异常。比如三体综合征，像21-三体、18-三体等常见染色体数目异常情况，会导致胎儿发育异常进而停育。
母体因素影响
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，约占15%~20%的胎儿停育与此相关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常发育，增加胎儿停育风险。全身性疾病： 孕妇若患有严重的糖尿病未控制好，高血糖环境会影响胎盘的血液循环和营养供应，使得胎儿得不到充足的养分而停育。还有严重的高血压疾病，血压持续升高会导致胎盘血管痉挛，影响胎儿的血供，也是导致胎儿停育的一个因素，约占10%左右。
子宫因素作用
子宫解剖异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎的着床和生长空间。据统计，因子宫解剖异常导致的胎儿停育占5%~10%。子宫内膜息肉、宫腔粘连等问题，也会干扰胚胎着床，增加停育几率。子宫肌瘤： 较大的子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎发育。如果肌瘤直径超过5厘米，胎儿停育的风险相对会明显升高。
免疫因素干扰
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液灌注，从而引发胎儿停育。约有10%~20%的胎儿停育与自身免疫异常相关。同种免疫异常： 母体对胎儿免疫耐受不足，使得母体免疫系统攻击胚胎，也会造成胎儿停育。这种情况在反复发生胎儿停育的孕妇中较为常见，约占10%左右。