胎儿停育的主要原因较多，据相关统计，约50% - 60%的胎儿停育与胚胎染色体异常有关。
胚胎染色体异常方面
染色体数目异常：常见的有三体综合征，比如21 - 三体、18 - 三体等情况。正常人体细胞染色体是23对，若胚胎染色体数目出现异常，就会影响胚胎正常发育，导致停育。染色体结构异常：像染色体缺失、易位等，也会干扰胚胎的正常生长进程，使得胎儿无法正常发育而停育。
母体因素影响
内分泌失调：女性体内的激素水平对胎儿发育至关重要。例如黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，而孕激素对于维持妊娠起着关键作用，当它不足时，就难以很好地支持胚胎发育，容易引发胎儿停育。另外，甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能减退还是亢进，都可能影响胎儿的生长环境，增加胎儿停育的风险。自身免疫性疾病：比如系统性红斑狼疮，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胎盘等组织，影响胎盘的正常供血供氧，进而阻碍胎儿发育，导致停育。还有抗磷脂综合征，会使胎盘血管形成血栓，影响胎儿的营养供应，引发胎儿停育。
子宫环境问题
子宫解剖异常：如果女性存在子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等情况，子宫的形态不利于胚胎着床和发育。另外，子宫肌瘤也可能影响子宫内的环境，较大的子宫肌瘤会占据子宫内空间，或者影响子宫的血供，从而影响胎儿发育导致停育。宫腔粘连：多次宫腔操作等因素可能导致宫腔粘连，使得宫腔环境变差，胚胎难以在这样的环境中正常生长，容易出现胎儿停育。
父亲因素相关
精子染色体异常：父亲的精子染色体如果出现异常，比如染色体数目或结构异常，那么受精卵携带异常染色体的概率就会增加，进而影响胚胎发育，导致胎儿停育。虽然父亲因素导致胎儿停育的比例相对胚胎和母体因素要低一些，但也是一个不可忽视的方面。