早晨起来肚子疼但大便后就好了，可能与以下因素有关。
1.生理性因素
饮食因素：可能因前一天晚上进食过多、过杂，或进食了生冷、不洁的食物，导致胃肠道功能紊乱，引起肚子疼。大便后，食物被排出，症状得到缓解。
腹部受凉：夜间睡眠时腹部受凉，可导致胃肠道痉挛，引起肚子疼。大便后，腹部保暖，症状也会得到缓解。
2.病理性因素
肠易激综合征：是一种常见的功能性肠病，常与心理、环境等因素有关。患者可在晨起或餐后出现腹痛，排便后缓解，同时可能伴有腹泻、便秘等症状。
慢性肠炎：炎症刺激可导致肠道痉挛，引起肚子疼。大便后，炎症物质被排出，症状也会有所减轻。此外，患者还可能有腹泻、黏液脓血便等表现。
其他：溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠道肿瘤等疾病也可能出现类似症状。
如果这种情况经常发生，或伴有其他症状，如腹泻、便秘、消瘦、恶心、呕吐等，建议及时就医，进行相关检查，如大便常规、肠镜等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在日常生活中，应注意饮食卫生，避免食用生冷、辛辣、油腻的食物，保持良好的生活习惯和心态。