右侧附睾囊肿是否影响生育不能一概而论，一般较小的右侧附睾囊肿通常对生育影响不大，但较大的附睾囊肿可能会有一定影响。据临床观察，直径小于1厘米的右侧附睾囊肿，对精子的生成、储存和运输影响较小，生育能力受影响的概率相对较低；而直径大于2厘米的右侧附睾囊肿，可能会压迫附睾管，影响精子的输出，从而增加不育的风险。
囊肿大小与生育的关系
较小囊肿影响小：当右侧附睾囊肿直径在1厘米以内时，囊肿对附睾组织的破坏相对较轻，一般不会明显干扰精子的正常生成、成熟和运输过程，对生育功能的影响通常不显著。较大囊肿有影响：若右侧附睾囊肿直径超过2厘米，囊肿体积增大可能会压迫附睾内的管道结构，影响精子在附睾内的储存和转运，进而影响精子的质量和活力，增加男性不育的可能性。
囊肿位置与生育的关联
靠近输出管的囊肿：如果右侧附睾囊肿位于附睾头部靠近输出小管的部位，由于输出小管是精子从睾丸进入附睾的重要通道，此处的囊肿更容易影响精子的排出，对生育的影响相对更明显。远离输出管的囊肿：而对于位于附睾尾部且远离输出小管的囊肿，相对来说对精子排出的阻碍作用可能较小，对生育功能的影响相对没那么突出，但也不能完全忽视，仍需定期监测。
伴随其他病变时的影响
合并附睾炎：当右侧附睾囊肿同时合并附睾炎时，炎症会进一步破坏附睾内环境，影响精子的存活和功能，大大增加对生育的不良影响。此时不仅囊肿可能影响生育，炎症本身也会干扰精子的正常状态。影响激素分泌：极少数情况下，右侧附睾囊肿如果引发内分泌紊乱相关改变，间接影响了雄激素等与生育相关的激素水平，也可能对生育产生不利作用，但这种情况相对较为少见。