附睾头囊肿是否影响生育不能一概而论，一般较小的附睾头囊肿通常对生育影响不大，但较大的囊肿可能会对生育有一定影响，约有10%左右的情况可能因囊肿影响生育。
囊肿大小与生育的关系
较小囊肿：如果附睾头囊肿直径小于1厘米，一般对睾丸的生精功能和精液的输送影响较小，对生育的影响相对有限。这类囊肿通常没有明显症状，可能在体检时偶然发现。较大囊肿：当附睾头囊肿直径大于2厘米时，就可能会压迫附睾管，影响精子的运输和成熟，从而对生育产生一定影响。例如，可能导致精子在附睾内的储存和输出受阻，进而降低受孕的概率。
囊肿位置与生育的关联
靠近输精管区域的囊肿：如果附睾头囊肿位于靠近输精管与附睾连接的区域，那么对生育的影响相对更明显。因为这里是精子从附睾进入输精管的关键通道，囊肿的存在可能严重干扰精子的正常输送，大大增加对生育的不利影响。远离输精管区域的囊肿：若囊肿位置相对远离输精管，对生育的影响通常较小。此时囊肿对精子运输的阻碍作用不显著，对生育功能的影响相对较轻。
囊肿伴随其他病变时的情况
合并附睾炎的囊肿：如果附睾头囊肿同时合并有附睾炎，那么对生育的影响会加重。附睾炎会导致附睾组织水肿、炎症细胞浸润等，再加上囊肿的存在，会进一步破坏附睾内环境，影响精子的质量和运输，明显增加生育困难的风险。不合并其他病变的囊肿：单纯的附睾头囊肿，没有合并其他明显病变时，对生育的影响相对可控。但也需要定期监测囊肿的变化情况，因为即使目前影响不大，后续囊肿增大或出现其他变化仍可能影响生育。