巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状多样。约1/3的患者可能没有明显症状，但多数患者会出现以下表现。
一、月经相关症状
痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状，多为继发性痛经，且呈进行性加重。一般从月经前1 - 2天开始出现，经期第1天最严重，以后逐渐减轻，可延续至整个经期。有的患者痛经程度会很剧烈，严重影响日常生活和工作。月经异常： 可能出现月经量增多、月经周期紊乱等情况。比如月经量较以往明显增多，经期延长等。部分患者月经血的颜色也可能有改变，呈现暗红等异常颜色。
二、盆腔相关症状
盆腔疼痛： 除了痛经外，还可能有盆腔深部的疼痛。在性生活时可能会出现疼痛，尤其是深部性交痛。另外，在经期以外的时间也可能有下腹部的隐痛不适，这种疼痛会在劳累、剧烈运动后加重。盆腔包块： 有的患者自己能在下腹部摸到包块，尤其是在月经前后，包块可能会有大小的变化。不过包块一般边界不太清楚，活动度相对较差。
三、生育相关症状
不孕： 巧克力囊肿会对生育产生影响，大约30% - 50%的子宫内膜异位症患者伴有不孕。这是因为囊肿会影响卵巢的正常排卵功能，还可能影响输卵管的通畅性，从而阻碍精子和卵子的结合以及受精卵的运输，导致不孕。异位妊娠风险增加： 患有巧克力囊肿的女性发生异位妊娠（宫外孕）的几率比正常女性要高。这是由于盆腔内环境的改变，影响了受精卵的正常着床位置。