巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状主要有以下这些。一般来说，巧克力囊肿比较典型的症状之一是痛经，这种痛经往往是进行性加重的，有的女性从月经前1 - 2天就开始出现痛经，一直持续到整个经期结束，而且疼痛程度可能会逐渐加剧。
月经异常表现
经量增多： 部分患者会出现月经量比以往明显增多的情况，有的可能会超出正常月经量的1/3以上。这是因为巧克力囊肿会影响卵巢的正常功能，导致子宫内膜面积相对增大等因素引起经量增多。经期延长： 正常经期一般是3 - 7天，而患有巧克力囊肿的女性可能经期会延长，超过7天，甚至有的能达到10天左右。
盆腔疼痛表现
盆腔深部疼痛： 除了痛经外，还可能在非经期出现盆腔深部的疼痛，尤其是在性交的时候可能会有疼痛感觉，这种疼痛在月经前后可能会更加明显。慢性盆腔痛： 有些患者会长期存在盆腔部位的慢性疼痛，持续时间较长，会对日常生活和工作产生一定影响。
生育方面影响
不孕： 巧克力囊肿可能会影响卵巢的排卵功能以及输卵管的正常蠕动等，从而导致不孕。据统计，大约有30% - 50%的子宫内膜异位症患者会合并不孕，而其中巧克力囊肿是比较常见的原因之一。异位妊娠风险增加： 由于盆腔内环境受到巧克力囊肿的影响，受精卵着床的位置可能会发生改变，导致异位妊娠的发生风险比正常女性要高。