扁桃体角化症的治疗需根据病情轻重等情况来定。一般来说，无症状的扁桃体角化症可先观察，有症状者则需采取相应措施。
局部处理方式
小范围病灶处理：如果扁桃体角化症的病灶比较局限，数量较少，可使用棉签蘸取硝酸银等腐蚀性药物进行局部涂抹，不过要注意涂抹范围，避免损伤周围正常组织。冲洗法：可以用生理盐水等进行口腔冲洗，有助于清除扁桃体表面的角化物，减轻不适症状，但要注意冲洗的压力不宜过大，以免刺激咽部。
手术治疗情况
严重且频繁发作时：当扁桃体角化症反复发作，影响吞咽、呼吸等功能，或者经过保守治疗效果不佳时，可考虑手术治疗。比如扁桃体切除术，通过手术切除病变的扁桃体组织，但手术有一定风险，术后要注意伤口护理，一般术后1 - 2周伤口逐渐恢复。不过手术不是首选，通常是在保守治疗无效时才会考虑。
药物辅助治疗
对症用药：如果患者伴有咽部疼痛等症状，可适当使用一些止痛药物，如布洛芬等非甾体抗炎药来缓解疼痛，但要注意按照药物的使用说明或医嘱服用。如果合并有细菌感染，出现咽部红肿、有脓性分泌物等情况，可能需要使用抗生素，如青霉素类（不过要注意有无过敏史）等，但抗生素的使用需谨慎，必须在医生判断有感染依据时才能使用。
日常注意事项
口腔卫生：患者要保持良好的口腔卫生习惯，每天早晚认真刷牙，饭后及时漱口，可用淡盐水漱口，这样能减少口腔内细菌滋生，降低扁桃体感染的风险，一般建议每次漱口时间不少于30秒。避免刺激：要避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，也要避免吸烟、饮酒，这些刺激因素可能会加重扁桃体的不适症状，一般建议至少1 - 2周内尽量远离这类刺激性物品。