脑干梗塞最佳治疗通常要分阶段进行，发病4.5小时内符合条件的患者可考虑静脉溶栓治疗，常用药物有阿替普酶等，能溶解血栓，恢复脑部血流。
急性期治疗关键
静脉溶栓： 发病4.5小时内是静脉溶栓的黄金时间窗，阿替普酶是常用的溶栓药物，能通过溶解阻塞血管的血栓，改善脑干血液循环。但需要严格筛选患者，排除禁忌症，如近期有严重出血倾向等情况不能用。动脉溶栓： 对于大血管闭塞导致的脑干梗塞，发病6-8小时内可考虑动脉溶栓，相比静脉溶栓，能更精准地将药物送到血栓部位，但操作难度相对大，风险也有一定增加。
药物辅助治疗
抗血小板聚集药物： 如阿司匹林，能抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成，一般在溶栓治疗后无禁忌证时使用。但要注意部分患者可能出现胃肠道不适等不良反应，有胃溃疡等病史的患者需谨慎。神经保护剂： 像依达拉奉，具有清除自由基、减轻神经细胞氧化损伤的作用，可保护脑干内的神经细胞，促进神经功能恢复。
康复治疗重要性
早期康复介入： 病情稳定后应尽早开展康复治疗，包括针对脑干梗塞导致的肢体运动、语言等功能障碍的康复训练。一般在发病后1-2周左右，根据患者具体情况开始康复评估，制定个性化康复方案。比如对于肢体运动障碍的患者，进行关节活动度训练、平衡训练等，促进肢体功能恢复。康复训练内容： 语言功能康复训练包括发音训练、语言理解训练等；吞咽功能康复训练可通过吞咽刺激、吞咽动作练习等，预防吞咽困难导致的误吸等并发症。康复治疗需要长期坚持，家属也要配合帮助患者进行训练。
并发症预防与处理
肺部感染预防： 脑干梗塞患者由于吞咽困难等原因容易发生肺部感染，要定时给患者翻身、拍背，促进痰液排出，保持呼吸道通畅。如果发生肺部感染，需要根据痰培养等结果选用合适的抗生素进行抗感染治疗。深静脉血栓预防： 脑干梗塞患者活动减少，容易发生深静脉血栓，可通过早期进行肢体被动活动、穿戴弹力袜等方法预防。一旦发现有深静脉血栓形成迹象，如肢体肿胀等，要及时进行评估和相应处理，如使用抗凝药物等，但抗凝药物使用需谨慎评估出血风险。