灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来治疗。通常外用抗真菌药物治疗轻度灰指甲有一定效果，比如阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，坚持使用几个月可能看到效果，但起效相对较慢。
外用药物治疗
局部涂抹药物：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲上，一般每周使用1 - 2次。不过，外用药物治疗的疗程较长，可能需要连续使用几个月，而且对于比较严重的灰指甲，单独外用药物效果可能不太理想。封包治疗：对于增厚严重的病甲，可先将病甲软化后再外用药物。比如先用温水泡脚使病甲变软，然后用工具将增厚的部分适当去除，再配合外用抗真菌药膏，这样能让药物更好地渗透到甲下。但操作时要注意避免损伤周围正常皮肤。
口服药物治疗
抗真菌口服药：像伊曲康唑胶囊，它是一种合成的三氮唑类抗真菌药，能抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌细胞膜合成。服用时一般采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，需要根据病甲生长情况来决定疗程数。不过，口服抗真菌药物有一定的肝毒性风险，在用药前需要检查肝功能，用药过程中也要定期监测肝功能。还有特比萘芬片，它可以选择性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜形成过程中的角鲨烯环氧化反应，从而发挥抗真菌作用。一般连续服用几个月，具体疗程要根据病甲恢复情况而定，同样用药前要评估肝功能等情况。
手术治疗
病甲清除术：对于单一的、病情较轻的灰指甲，可以考虑手术拔除病甲。但手术创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且术后容易复发，现在已经较少单独使用，多配合药物治疗。比如在拔除病甲后，继续外用或口服抗真菌药物，降低复发几率。不过，手术有引起感染等并发症的可能，所以要严格掌握手术适应证。