治疗灰指甲常用的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物疗程较长，可能需要数月；口服抗真菌药物起效相对快些，但要注意肝肾功能等问题。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成来发挥作用。每周使用1 - 2次，连续使用数月，能起到抗真菌治疗灰指甲的效果。不过，使用时要注意按照正确方法涂抹，且可能会有局部轻度的烧灼感、瘙痒感等不良反应。环吡酮胺乳膏：同样是外用抗真菌药，可渗透进入甲板，抑制真菌的生长繁殖。每天涂抹1 - 2次于患处，需要坚持使用较长时间才能看到效果，一般至少3个月以上。使用过程中要避免接触眼睛和其他黏膜部位。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：是一种口服的广谱抗真菌药物，采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用数月。它能抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成。但需要注意的是，有严重肝脏疾病的患者禁用，在用药前和用药过程中需要监测肝功能。特比萘芬：也是口服抗真菌药，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜形成。一般每天服用一次，疗程通常需要3个月左右，具体时间根据灰指甲的严重程度等因素而定。不过，有严重肾功能不全的患者要慎用，用药期间也要关注自身的肝肾功能情况。
辅助治疗注意事项
在使用药物治疗灰指甲的同时，要注意保持足部的清洁干燥，穿透气性好的鞋子和袜子，避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。如果灰指甲情况较为严重，单一药物治疗效果不佳时，可能需要综合治疗或考虑其他治疗方法，如病甲清除术等，但病甲清除术需要在正规医疗机构由专业医生操作。