一般而言，发烧时灌肠存在作用迅速、不损伤胃黏膜等优点，同时也有肠道菌群紊乱、肠道黏膜受损等缺点，具体情况如下：
一、优点
1.作用迅速：药物通过肠道黏膜直接吸收进入体循环，无需经过肝门静脉，和口服药物相比，其发挥作用更为快速，能切实有效地缓解发烧症状。比如在某些情况下，通过灌肠能让药物更快地被吸收和起效，从而迅速降低体温，减轻患者因发烧带来的不适。
2.不损伤胃黏膜：灌肠是将配置好的药物向肛门灌注以达到治疗目的，药物主要直接作用于肠道，不需要通过胃部来吸收药力，这样通常就不会对发烧患者的胃黏膜造成不良刺激。也就避免了可能因药物刺激胃黏膜而引发的诸如胃部不适、疼痛等问题。
二、缺点
1.肠道菌群紊乱：灌肠所使用的药物可能会对肠道正常菌群造成破坏，致使肠道菌群出现紊乱，发烧患者可能会因此有腹泻、全身无力等表现。因为正常的肠道菌群对于维持肠道功能和人体健康有着重要作用，当菌群平衡被打破后，就容易引发一系列的肠道问题和身体不适。
2.肠道黏膜受损：在灌肠时，发烧患者可能会感觉到不适，并且如果操作不当，还有可能损伤肠道黏膜以及肛门周围组织。这可能会导致患者在灌肠后出现肠道疼痛、出血等情况，甚至可能引发感染等更严重的问题。
总之，发烧时灌肠有其独特的优势和潜在的风险，在具体应用时需要谨慎权衡，根据患者的实际情况进行合理选择。