女性感染HPV初期可能没有明显症状，部分人可能会出现生殖器部位的异常表现。比如约有10% - 30%的人可能在感染低危型HPV时，在外阴、阴道、宫颈等部位出现湿疣样病变，表现为局部出现单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，随后可逐渐增多增大，形态可为乳头状、菜花状、鸡冠状等。
皮肤黏膜表现情况
低危型HPV感染表现： 除了上述的湿疣样病变外，低危型HPV6、11型感染还可能引起外阴、阴道的鳞状上皮乳头状增生。一般这些病变初期可能比较小，不易被发现，随着时间推移可能会逐渐长大。比如在外阴部位可能会看到一些小的突起，颜色与周围皮肤相近或稍淡。高危型HPV感染表现： 高危型HPV持续感染可能在初期没有明显外观上的改变，但长期持续感染可能会引发宫颈细胞的异常。不过单纯从外观上可能很难察觉，需要通过宫颈细胞学检查等手段来发现异常。
身体其他可能伴随症状
部分人可能有轻微不适： 少数女性在感染HPV初期可能会有私处轻微的瘙痒感，但这种瘙痒感往往比较轻微，容易被忽视。还有些人可能没有任何不适症状，是在常规体检做HPV检测时才发现感染的。
与其他疾病的区别
与假性湿疣区别： 假性湿疣多见于女性小阴唇内侧，为淡红色或黏膜色的丘疹，表面光滑，群集但不融合，多无自觉症状，与HPV感染引起的湿疣样病变不同，假性湿疣一般与HPV感染无关，可能与局部摩擦等因素有关。与外阴湿疹区别： 外阴湿疹主要表现为外阴部位的红斑、丘疹、水疱等，伴有剧烈瘙痒，急性期有渗出倾向，与HPV感染的初期表现有明显区别，外阴湿疹的病因多与过敏、局部潮湿等有关，和HPV感染的发病机制不同。