两岁宝宝发热39℃时，需采取以下措施：
一、应立刻在进行物理降温的同时前往医院就诊，且要在医生指导下使用退热药来退热。
具体而言，两岁宝宝发热超39℃，要马上就医并同步实施物理降温，比如可用温毛巾蘸取适量温水，在宝宝的颈部、腹股沟、腋下、肘窝等大血管流经处展开物理降温。必要时，可在医生指导下应用布洛芬或对乙酰氨基酚等药物进行退热处理。
二、建议及时就诊并完善相关检查以明确诊断。
两岁宝宝发热39℃时，建议患者尽快就诊，完善血常规、超敏C反应蛋白、降钙素原等相关检查。必要时还需完善血培养、痰培养、呼吸道病毒监测等相关检查，以明确病因进而开展治疗。
三、宝宝治疗期间，家长要让宝宝适度休息，补充液体并保证营养充足，这有益于宝宝的身体健康。
总之，当两岁宝宝发热达39℃时，要综合采取多种措施，包括及时就医、物理降温、合理用药、完善检查等，同时在治疗期间要照顾好宝宝，以促进其尽快恢复健康。