碘酊主要用于皮肤消毒，一般是2%的碘酊。它通过使菌体蛋白质变性、沉淀，从而起到杀灭细菌、真菌等微生物的作用。
皮肤消毒方面的应用
小伤口消毒：当皮肤有小的擦伤、割伤等伤口时，可用2%的碘酊涂抹伤口周围皮肤。它能有效杀灭伤口周围可能存在的细菌，预防感染。例如，日常生活中不小心划破手指，用棉球蘸取适量碘酊涂抹在伤口周围皮肤，能起到初步的消毒作用。手术部位皮肤消毒：在外科手术前，医护人员会用碘酊对手术部位的皮肤进行消毒。一般会先涂抹碘酊，待干燥后再用酒精脱碘，这样可以杀灭皮肤表面的大量微生物，为手术创造相对无菌的环境。
口腔科的应用
口腔黏膜消毒：在一些口腔小手术前，比如拔牙前，有时会用碘酊对口腔黏膜周围进行消毒。不过使用时要注意避免碘酊接触到口腔内部的敏感组织，防止造成刺激。例如，拔牙前医生会用碘酊对拔牙部位周围的口腔黏膜皮肤进行消毒处理。
皮肤科的应用
治疗某些皮肤病：对于一些皮肤真菌感染性疾病，如体癣等，在早期可以用碘酊涂抹患处辅助治疗。但要注意，碘酊刺激性较强，对于皮肤破损严重或者敏感部位的体癣，使用时要谨慎。比如，体癣患者皮肤没有明显破损时，可在医生指导下用碘酊涂抹患处，抑制真菌生长。