肛瘘主要症状有肛周反复流脓，脓液量时多时少，若引流不畅，脓液会增多，局部会有红肿热痛等炎症表现，一般持续数天，当脓液排出后，症状可暂时缓解。另外，肛周还可能有瘙痒感，因为脓液刺激肛周皮肤引起。
流脓情况：
间歇性流脓： 肛瘘通常会出现间歇性流脓现象，在急性感染期，脓液会增多，之后可能会减少。比如有的患者隔几天就会有少量脓液流出，有时则没有明显脓液排出。脓液性状： 脓液一般是脓性、血性或者黏液性。刚流出的脓液比较浓稠，颜色可能发黄，时间久了可能会变得稀薄一些。
疼痛表现：
平时隐痛： 一般在没有急性炎症时，患者可能仅有轻微的隐痛，不太影响日常活动，但自己能感觉到肛周有不太舒服的感觉。急性发作时疼痛剧烈： 当肛瘘内口感染，或者外口引流不畅时，就会急性发作，出现明显的疼痛，疼痛程度比较剧烈，患者可能会坐立不安，影响正常的生活和工作。
瘙痒症状：
瘙痒原因： 由于肛瘘不断有脓液流出，刺激肛周皮肤，就会引起瘙痒感。患者会不自觉地去搔抓肛周皮肤，长期搔抓可能会导致皮肤破损、增厚等。瘙痒程度： 瘙痒程度因人而异，有的患者只是偶尔觉得肛周有点痒，而有的患者瘙痒感比较严重，严重影响生活质量。
肿块表现：
皮下肿块： 有的肛瘘可以在肛周皮下摸到肿块，肿块质地可能比较硬，按压时可能会有疼痛感。肛瘘外口： 肛瘘外口在肛周皮肤表面，有时外口会闭合，此时就会形成皮下肿块，过段时间又可能会破溃流脓，肿块消失。