霉菌感染是否严重不能一概而论。一般来说，轻度的皮肤或黏膜霉菌感染相对不严重，经过规范治疗多可好转，但如果是严重的系统性霉菌感染则比较凶险，死亡率较高。比如侵袭性肺曲霉菌病，若不及时治疗，死亡率可达50%~90%。
感染部位不同严重性有差异
皮肤黏膜霉菌感染：
浅部皮肤霉菌感染：像足癣（脚气）、体癣等，主要表现为局部瘙痒、起疹等，及时用药涂抹，一般几周内可改善，不算严重，但容易复发，需注意保持局部干燥清洁。口腔黏膜霉菌感染：常见于婴幼儿鹅口疮，多是白色念珠菌感染，一般通过局部涂抹制霉菌素等药物能控制，不算特别严重，但婴幼儿可能会因疼痛影响进食。
深部脏器霉菌感染：
肺部霉菌感染：如果是侵袭性肺曲霉病等较严重的肺部霉菌感染，会出现发热、咳嗽、咯血等症状，病情进展快的话，可能影响呼吸功能，严重时可危及生命。例如一些免疫力低下的患者，如艾滋病患者合并肺部霉菌感染，预后较差。消化道霉菌感染：累及消化道时，可能有腹痛、腹泻等表现，严重的消化道霉菌感染可能导致肠道出血、穿孔等并发症，威胁生命健康。中枢神经系统霉菌感染：如新型隐球菌性脑膜炎，会出现头痛、发热、呕吐等症状，病情凶险，若不及时治疗，病死率较高。
与患者自身状况密切相关
免疫力正常者：
一般轻度的霉菌感染，通过使用抗真菌药物，如外用咪康唑乳膏等，恢复相对容易，对身体整体影响较小。比如健康人偶尔出现的轻度外阴阴道假丝酵母菌病，规范用药后大多能治愈，不影响正常生活。
免疫力低下者：
像糖尿病患者血糖控制不佳时容易合并霉菌感染，且感染往往较难控制，容易反复。还有长期使用免疫抑制剂的患者，如器官移植后需用免疫抑制剂的患者，发生霉菌感染的概率高，而且感染容易扩散，病情重，治疗难度大。例如长期使用糖皮质激素的患者，肺部霉菌感染可能迅速进展为重症肺炎。
治疗及时与否影响严重程度
早期治疗：
如果霉菌感染能在早期被发现并及时治疗，多数情况预后较好。比如皮肤霉菌感染在出现轻微症状时就用药干预，很快就能控制病情，避免发展为严重感染。以浅部真菌引起的头癣为例，早期使用灰黄霉素等药物治疗，一般几周即可见效，头发能逐渐恢复正常。
延误治疗：
一旦霉菌感染被延误治疗，病情可能迅速加重。比如肺部霉菌感染，初期可能只是咳嗽、低热，若没重视，很快会出现高热、呼吸困难，治疗周期延长，费用增加，且预后可能变差。