肝囊肿是较常见的肝脏良性疾病，大多数肝囊肿没有明显症状。通常较小的肝囊肿，比如直径小于5厘米的，可能长期没有任何不适表现。
无症状情况
很多肝囊肿体积较小，比如直径在3厘米以下时，对肝脏周围组织没有压迫，也不会影响肝脏的正常功能，患者一般不会有任何不舒服的感觉，往往是在体检做B超等影像学检查时偶然发现。
较大囊肿引发的症状
腹部不适：当肝囊肿较大时，比如直径超过5厘米甚至更大，可能会压迫周围组织，导致右上腹出现隐痛、胀痛等不适感。有的患者会感觉上腹部有胀满感，尤其是在进食后可能会更明显一些。压迫胃肠道：如果肝囊肿非常大，压迫到胃肠道，可能会引起食欲减退、恶心、呕吐等症状。例如，囊肿压迫胃部，患者可能会觉得吃饭没胃口，吃一点就觉得饱，还可能出现呕吐的情况，但这种情况相对少见。压迫胆管：少数情况下，较大的肝囊肿可能压迫胆管，影响胆汁的排出，进而可能出现黄疸症状，表现为皮肤和巩膜发黄，尿液颜色加深等。不过这种因肝囊肿导致黄疸的情况比较罕见。
特殊类型肝囊肿的症状
寄生虫性肝囊肿：比如肝包虫囊肿，除了可能有上述囊肿较大引起的症状外，还可能有一些特殊表现。如果包虫囊肿破裂，可能会引起过敏反应，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等症状。而且包虫囊肿有逐渐增大的趋势，对肝脏功能的影响也会随着时间推移而加重。先天性肝囊肿相关综合征：极少数情况下，肝囊肿可能是某些先天性综合征的一部分，除了肝脏有囊肿外，还可能伴有其他脏器的囊肿等表现，同时可能出现相应脏器受累的一些症状，但这类情况非常罕见。