彻底治疗灰指甲需要综合多种方法，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式。目前常用的外用抗真菌药物有阿莫罗芬搽剂等，不过使用时间相对较长，可能需要连续使用几个月。
外用药物选择
阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次，坚持使用有一定效果，但对于比较严重的灰指甲，单独使用可能起效较慢。环吡酮胺乳膏： 局部涂抹后能渗透进入甲板，抑制真菌的生长繁殖。涂抹时要均匀覆盖病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种广谱抗真菌药物，采用冲击疗法，即连续服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它可以抑制真菌细胞的麦角固醇合成，达到杀灭真菌的目的，但服用期间需要监测肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。一般每天口服一次，疗程通常为2 - 3个月，同样需要关注肝功能情况。
手术治疗情况
拔甲术： 对于单发的灰指甲可以考虑拔甲，不过现在这种方法使用相对较少。拔甲后需要外用抗真菌药物，但是拔甲会比较疼痛，而且甲床修复需要一定时间，并且新长出的指甲也有可能再次被感染。激光治疗： 利用激光的热能等效应破坏真菌。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，相对来说痛苦较小，不过费用可能较高，而且对于严重程度不同的灰指甲效果也有差异。在治疗灰指甲过程中，要注意个人卫生，保持足部或手部的清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，要坚持按照疗程治疗，即使症状有所改善也不能随意停药，以免真菌没有被彻底杀灭而复发。