三叉神经痛的病因目前尚未完全明确，但主要与以下因素相关。一般认为，血管压迫是导致原发性三叉神经痛的常见原因之一，约有90%以上的原发性三叉神经痛是由于三叉神经根受到异常走行的血管压迫引起的，比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管对三叉神经的压迫。
血管压迫因素：
血管结构异常： 正常情况下血管与神经之间有脑脊液缓冲，但如果血管发生迂曲、硬化等改变，就可能对三叉神经产生持续的压迫。随着年龄增长，血管发生退行性变的概率增加，这也是中老年人更容易患三叉神经痛的原因之一。动脉搏动影响： 当动脉搏动频繁冲击三叉神经时，会导致神经脱髓鞘改变，使得神经纤维之间的电信号传导发生紊乱，从而引发疼痛发作。这种异常的电信号传导会被大脑感知为剧烈的疼痛。
神经脱髓鞘病变：
自身免疫因素： 人体自身免疫系统可能错误地攻击三叉神经的髓鞘，导致髓鞘受损。例如，某些自身免疫性疾病可能引发这种异常免疫反应，使得三叉神经的正常功能受到影响，进而引发疼痛。病毒感染相关： 有研究发现，带状疱疹病毒等感染可能与三叉神经痛的发生有关。病毒感染后可能潜伏在三叉神经节内，激活后会引起神经的炎症反应和脱髓鞘改变，导致神经冲动异常发放，引发疼痛。
其他少见因素：
肿瘤压迫： 颅内的一些肿瘤，如听神经瘤、脑膜瘤等，也可能压迫三叉神经，从而引起继发性三叉神经痛。这种情况相对较少见，但一旦发生，需要针对肿瘤进行相应的治疗来缓解疼痛。例如，听神经瘤如果压迫三叉神经，随着肿瘤的生长，疼痛症状会逐渐加重。外伤因素： 头部受到外伤后，可能导致三叉神经受损，进而引发疼痛。不过外伤引起三叉神经痛的情况比较罕见，但如果有头部外伤史且出现面部疼痛等症状，也需要考虑这种可能性。比如头部遭受严重撞击后，可能影响到三叉神经的正常结构和功能。