纤维肌痛综合征常见的症状包括广泛的肌肉疼痛，这种疼痛通常会持续3个月以上。据统计，女性患纤维肌痛综合征的概率比男性高。
肌肉骨骼方面的症状
全身疼痛： 患者会感到全身多部位肌肉疼痛，这种疼痛通常是弥漫性的，不是局限在某一个部位。比如颈部、肩部、背部、腰部等区域都可能出现疼痛，而且疼痛程度因人而异，有的患者是轻度疼痛，有的则是较为剧烈的疼痛。肌肉僵硬： 早晨起床时或者长时间不活动后，肌肉僵硬感比较明显，一般活动后会有所缓解，但活动过多又会使僵硬和疼痛加重。例如患者早上起床后觉得全身发紧，活动10 - 20分钟后，僵硬感会有所减轻，但如果上午从事了较多体力活动，下午可能又会感觉肌肉僵硬不适。
睡眠相关症状
睡眠质量差： 很多纤维肌痛综合征患者存在睡眠问题，难以入睡或者睡眠容易中断。患者可能会发现自己晚上躺在床上很久都不能进入深度睡眠状态，而且夜间会频繁醒来，导致睡眠时长不足，第二天精神状态不佳，出现疲劳、困倦等情况。疲劳感明显： 即使经过了一晚上看似“充足”的睡眠，患者白天仍然会感觉极度疲劳，这种疲劳感不是通过休息就能完全缓解的。比如患者白天工作时，很快就会觉得精力不支，需要频繁休息才能继续完成工作。
其他伴随症状
头痛： 大约有3/4的纤维肌痛综合征患者会出现头痛症状，头痛的类型多样，可能是偏头痛，也可能是紧张性头痛等。头痛会影响患者的日常生活和工作，有的患者头痛发作时会伴有恶心、畏光等表现。认知功能障碍： 部分患者会出现认知方面的问题，比如记忆力下降、注意力不集中等。患者可能会发现自己最近经常忘记事情，在工作或者学习中难以集中注意力完成任务，不过这种认知功能障碍一般不是非常严重，在病情得到一定控制后可能会有所改善。