小孩口腔溃疡的原因有多种。一般来说，小孩口腔溃疡可能由多种因素引起，其中常见的原因之一是缺乏维生素，比如缺乏维生素B2等，有研究显示约30% - 50%的口腔溃疡与维生素缺乏有关。
局部创伤因素
口腔内擦伤：小孩在玩耍过程中，可能不小心咬伤口腔黏膜或者被粗糙的食物擦伤，从而引发口腔溃疡。比如吃比较硬的坚果类食物时，可能会刮伤口腔内壁，进而形成溃疡。牙齿萌出：对于正在长牙的小孩，牙齿萌出时可能会刺激牙龈周围的黏膜，导致局部出现溃疡。一般在乳牙萌出阶段，这种情况比较常见，大约有20% - 30%的长牙小孩会出现因牙齿萌出引起的口腔溃疡。
感染因素
病毒感染：像疱疹性口腔炎，就是由单纯疱疹病毒感染引起的，小孩感染后口腔内会出现多个溃疡，同时还可能伴有发热、哭闹等症状。这种病毒感染引起的口腔溃疡在幼儿园等集体环境中容易传播，有数据表明约15% - 20%的小儿口腔溃疡是由病毒感染导致的。细菌感染：如果小孩口腔卫生不好，细菌滋生可能会引发口腔黏膜的感染性溃疡。例如金黄色葡萄球菌等细菌感染口腔后，就可能出现溃疡症状。
免疫力因素
自身免疫低下：当小孩的免疫力较低时，身体抵御外界病菌等的能力减弱，就容易受到各种因素影响而出现口腔溃疡。比如一些患有先天性免疫缺陷疾病的小孩，或者在感冒、发烧等身体抵抗力下降时期的小孩，更容易发生口腔溃疡，这类小孩发生口腔溃疡的概率比正常小孩高约2 - 3倍。