口腔溃疡的发生原因较多，比如约20%~30%的人有遗传倾向，父母容易长口腔溃疡的话，子女出现口腔溃疡的几率相对更高。
一、局部创伤因素
口腔内咬伤： 比如吃饭时不小心咬到颊黏膜等部位，就容易形成口腔溃疡，这种情况在进食较快、咀嚼不细致的人群中较常见。假牙刺激： 不合适的假牙会持续摩擦口腔黏膜，长时间刺激就可能引发口腔溃疡，尤其是新佩戴假牙的前几周，这种情况比较容易出现。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等维生素时，容易导致口腔溃疡。比如长期吃素、挑食的人，就更易出现这类维生素缺乏情况从而引发口腔溃疡。一般成年人每天需要摄入维生素B₂约1.2~1.5毫克，维生素B₁₂约2.4微克等。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也和口腔溃疡有关系。例如锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时，会影响细胞的正常分裂等，进而容易引发口腔溃疡。
三、免疫系统因素
免疫力下降时： 当人体免疫力降低，比如过度疲劳、感冒发烧等情况下，原本潜伏在体内的病毒就可能活跃起来，引发口腔溃疡。像很多人在熬夜后，身体免疫力下降，就容易长口腔溃疡，这种情况可能持续1~2周左右。自身免疫性疾病： 如白塞病，它是一种慢性自身免疫性疾病，口腔溃疡是其常见的症状之一，往往还会伴有眼部病变、生殖器溃疡等表现。
四、其他因素
精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力过大等，会影响人体的神经调节和内分泌等，从而增加口腔溃疡的发生几率。比如学生考试前、工作压力大的人群，口腔溃疡的发生率相对会高一些。内分泌变化： 女性在月经周期前后，体内雌激素水平变化，可能会诱发口腔溃疡。一般月经前1~2周左右，有些女性就容易长口腔溃疡，月经来潮后会逐渐缓解。