三叉神经痛的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先，血管压迫是常见原因之一，约有90%以上的原发性三叉神经痛是由于颅内微血管压迫三叉神经根部所致，比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管的异常迂曲或移位，长期压迫三叉神经，导致神经脱髓鞘改变，从而引发疼痛。
血管因素导致
血管压迫机制： 颅内的动脉血管，像小脑上动脉，正常情况下与三叉神经关系较为正常，但如果出现血管硬化、迂曲等情况，就可能对三叉神经造成压迫。随着年龄增长，血管发生退变的几率增加，这也是中老年人更容易患三叉神经痛的一个相关因素。
神经脱髓鞘改变
脱髓鞘引发异常冲动： 三叉神经感觉根入脑桥处的神经纤维如果发生脱髓鞘，就会使相邻的轴突之间产生“短路”。这样一来，当三叉神经受到一些微小的刺激时，比如面部的触碰、风吹等，就容易引发一系列错误的神经冲动，从而导致剧烈的疼痛发作。
其他可能因素
遗传因素： 有研究发现，三叉神经痛可能存在一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有三叉神经痛，那么其他家庭成员患该病的风险可能会相对增高，但具体的遗传方式还不是完全清晰。中枢神经系统功能紊乱： 三叉神经痛也可能与中枢神经系统的功能失调有关。比如大脑皮层的抑制和兴奋平衡被打破，使得三叉神经的痛觉传导出现异常，进而引发疼痛症状。不过这方面的具体机制还需要进一步深入研究来明确。