阴茎短小且同房时间短需要采取不同方法来治疗。具体如下：
阴茎短小：
一、调整饮食：吸烟、饮酒可能对该部位发育产生不良影响，男性应减少烟酒摄入。同时可多食用一些具有壮阳补肾作用的食物，如羊肉、生蚝、韭菜等，这或许有助于阴茎增大。
二、按摩：男性可通过对阴茎进行伸展、按摩、挤压、揉搓、旋转等操作，来增强阴茎组织的柔韧性与弹性，从而促进其生长。
三、热敷：对局部进行热敷，在热敷过程中能够促进局部血液循环，有利于阴茎的发育。
四、药物治疗：如果是睾酮水平较低导致，通常可遵医嘱使用十一酸睾酮胶囊、枸橼酸氯米芬片等药物，能起到促进阴茎发育的作用。
五、阴茎延长术：在适当位置切断阴茎上的浅悬韧带和深悬韧带，使埋藏在体内的那段阴茎海绵体分离出来，采用内填外拔的缝合技术，可使阴茎体外部分延长3至5厘米。
同房时间短：
一、生活调整：若经常自慰，容易降低阴茎敏感度从而引起早射，患者需纠正不良生活习惯，减少或避免自慰。
二、脱敏治疗：利用仿生阴道，通过冷热水反复刺激，使阴茎适应阴道环境，降低其敏感程度。
三、性感集中训练：在专业指导下，夫妻或性伴侣双方进行相关的动停动训练、阴道容纳训练等，可有效延长性生活时间。
四、注射玻尿酸：近年来新兴的在阴茎体、冠状沟部位局部注射玻尿酸，对延长性生活时间也有较好效果，建议在有相关整形外科资质的医院进行注射。
五、外用药物：通过麻醉龟头及冠状沟附近神经，起到降低兴奋度、提高射精阈值的作用，主要药物有林可霉素利多卡因凝胶、盐酸达克罗宁胶浆等，但需在医生指导下使用，以防出现不良后果。
总之，患者应根据自身情况在医生指导下选择合适的治疗方法。如果还有其他疑问或不适，可线上咨询医生或前往线下医疗机构就诊获取更多帮助。