孕三个月有褐色分泌物是不正常的，其原因主要有先兆流产、阴道炎、宫颈疾病这三个方面。
一、先兆流产：
1.褐色分泌物往往是先兆流产的一个表现。此时应尽快前往医院，通过超声对胎儿情况以及胎盘情况进行检查。
2.医生会依据检查结果来决定是否使用保胎药物进行治疗，比如地屈孕酮片、黄体酮胶囊等。
二、阴道炎：
1.孕期若不注重个人卫生，可能会引发阴道炎症，从而出现褐色分泌物。
2.需要进行白带常规检查，然后根据检查结果在医生指导下选择合适的阴道用药，如硝呋太尔制霉素阴道软胶囊等。
三、宫颈疾病：
1.若存在宫颈息肉等问题，也会导致有褐色分泌物出现。
2.应进行宫颈检查，根据结果来确定处理方式。如果症状较轻，可以先观察而无需治疗；如果症状较重且出血量较多，可考虑在孕4个月左右时进行手术摘除治疗。
孕期要注意卫生，多休息，避免熬夜，同时也需要适当运动，定期进行孕检，保持良好的心态。总之，当孕三个月出现褐色分泌物时，应及时明确原因并采取相应的处理措施，以保障孕妇和胎儿的健康。