天生黑眼圈可能与多种身体因素有关。一般来说，遗传因素是导致天生黑眼圈较常见的原因之一，据统计，约有30% - 50%的黑眼圈遗传自家族遗传。
遗传因素导致
基因决定眼部结构： 有些人天生眼部皮肤较薄，皮下血管更容易显现，从而使黑眼圈看起来更明显。比如家族中多人都有较明显的黑眼圈，那么后代遗传出现天生黑眼圈的概率相对较高。眼轮匝肌发达： 部分人天生眼轮匝肌较发达，也可能导致黑眼圈相对明显，这也是遗传所决定的眼部肌肉结构特点。
色素沉着相关
黑色素代谢差异： 天生的黑眼圈可能与黑色素代谢有关，有些人天生眼部皮肤中的黑色素细胞相对活跃，或者黑色素代谢速度较慢，使得黑色素更容易在眼部堆积，形成黑眼圈。例如，某些人种由于遗传原因，眼部黑色素沉着相对更明显，容易出现天生黑眼圈。眼部皮肤色素分布不均： 天生的眼部皮肤可能存在色素分布不均的情况，导致局部颜色较深，呈现出类似黑眼圈的外观。这也是由遗传等因素决定的眼部皮肤色素特性。
血管因素影响
血管解剖特点： 有些人天生眼部的血管分布与常人不同，眼部的静脉血管可能更表浅，使得血液中的血红蛋白更容易被看到，从而显现出黑眼圈。比如眼部静脉回流的解剖结构差异，就可能导致天生黑眼圈的出现。血管通透性差异： 天生的眼部血管通透性可能与其他人不同，使得血管内的一些成分更容易渗出到周围组织，影响眼部皮肤颜色，进而形成黑眼圈。
结构因素导致
眼窝结构： 天生眼窝较深的人，眼部的阴影更容易形成，看起来就像是有黑眼圈。这是因为眼窝深度不同，光线照射后形成的光影效果不同，给人一种黑眼圈的视觉感受。例如，一些欧美人群由于眼窝天生较深，相对更容易有类似黑眼圈的外观表现。眼睑皮肤厚度： 天生眼睑皮肤较薄的人，皮下的组织结构更容易透过皮肤显现，包括血管等，也会导致黑眼圈相对明显。这也是由遗传决定的眼睑皮肤厚度特点所造成的。