部分葡萄胎的发生原因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，部分葡萄胎的发生可能与受精卵异常有关，比如卵子受精时发生了染色体异常。有研究表明，部分葡萄胎中，胎儿染色体通常为三倍体，最常见的是69，XXY型等。
染色体因素：
父源染色体贡献为主：部分葡萄胎的染色体核型多数为父系来源，也就是主要由父亲的染色体所构成。例如，多数情况下是由一个正常的卵子与两个正常的精子受精，或者是一个正常的卵子与一个减数分裂缺陷的双倍体精子受精等情况，导致染色体组成出现异常，从而引发部分葡萄胎。染色体数目异常：除了染色体组成异常外，染色体数目也可能出现异常。如前面提到的三倍体情况较为常见，正常人体细胞染色体数目是46条，而三倍体的部分葡萄胎细胞染色体数目为69条，这种染色体数目的异常打乱了正常的胚胎发育进程，使得胎盘组织发生异常增生，形成部分葡萄胎。
营养因素：
缺乏某些维生素：有研究发现，饮食中缺乏维生素A以及胡萝卜素等营养物质，可能会增加部分葡萄胎的发生风险。比如，长期饮食结构不合理，蔬菜水果摄入过少，导致维生素A等摄入不足，影响了细胞的正常分化和发育，进而可能与部分葡萄胎的形成有关。微量元素缺乏：像锌、硒等微量元素在胚胎发育过程中起着重要作用。如果孕妇体内缺乏锌、硒等微量元素，会影响胎盘的正常功能和胚胎的发育环境，使得胎盘组织容易出现异常增殖，增加部分葡萄胎发生的可能性。例如，孕妇长期处于微量元素摄入不足的状态，就可能为部分葡萄胎的发生创造了条件。
卵巢功能因素：
黄体功能不足：卵巢的黄体功能对维持妊娠起着重要作用。如果黄体功能不足，会导致孕激素分泌不足，影响子宫内膜的正常蜕膜化，使得胎盘绒毛组织容易发生异常变化。例如，黄体分泌的孕激素水平不能满足胚胎发育的需求，就可能干扰了胎盘的正常发育过程，增加部分葡萄胎的发生几率。促性腺激素异常：体内促性腺激素的水平异常也可能与部分葡萄胎的发生相关。促性腺激素对于卵泡的发育、排卵以及维持妊娠等都有调节作用。当促性腺激素分泌出现紊乱时，会影响卵巢的功能以及胚胎的着床和发育，使得胎盘组织不能正常发育，从而引发部分葡萄胎。比如，促性腺激素水平过高或过低，都可能打破正常的生殖内分泌平衡，导致部分葡萄胎的发生。