胚胎自身因素
胚胎染色体异常是常见原因，如数目异常（多倍体、三体等）或结构异常，这会导致胚胎发育障碍，无法正常形成胎心和胎芽，是自然流产的重要原因之一，多见于孕早期。
母体因素
- 内分泌异常：若母体甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足会影响胚胎发育，不利于胎心胎芽形成；糖尿病患者血糖控制不佳时，高血糖环境也会干扰胚胎正常发育进程。
- 免疫因素：自身免疫性疾病可产生抗胚胎抗体，攻击胚胎组织，影响胚胎着床及发育，使胎心胎芽难以出现。比如系统性红斑狼疮患者，自身免疫紊乱可能波及孕期胚胎。
- 子宫异常：子宫畸形，像纵隔子宫，会影响胚胎着床位置及生长空间；子宫内膜薄，营养供应不足，也不利于胚胎发育成有胎心胎芽的状态。
环境因素
长期接触放射性物质或有害化学物质，如苯、甲醛等，会损害胚胎细胞，干扰胚胎正常发育，增加孕早期无胎心胎芽的风险。例如工作中频繁接触此类物质的孕妇，胚胎受影响概率相对较高。
感染因素
孕期感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，病毒可通过胎盘侵袭胚胎，影响胚胎发育，导致胎心胎芽缺失。孕妇在孕期感染相关病毒后，需密切关注胚胎发育情况。