怀孕45天孕酮低可能是由多种原因引起的，具体如下：
一、胚胎质量不好：可能是由于精子或卵子质量存在问题，或者卵巢功能减退、孕激素分泌不足等因素，从而导致胚胎质量不佳，发育不良，进而造成孕酮低。这种情况下应遵循医嘱终止妊娠。
二、先兆流产：孕妇可能因受到外力作用而引发先兆流产，出现少量阴道流血现象。此时胎儿停止发育，体内孕酮含量降低。可在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物来补充激素以进行保胎治疗。倘若病情持续发展导致流产，则在需要时可采取清宫术进行处理。
三、异位妊娠：孕妇可能因为生殖系统存在疾病或有损伤，致使受精卵在子宫体腔以外的地方着床，主要症状表现为停经、腹痛、阴道流血等。一旦发生胎停育，黄体分泌就会停止，会出现孕酮降低的情况。孕妇可在医生指导下使用甲氨蝶呤片、米非司酮片等药物来终止妊娠，也可采取腹腔镜手术或输卵管切除术进行治疗。
此外，出现该症状还可能是胎儿畸形、胎儿停育、妊娠高血压疾病、妊娠期糖尿病等原因所导致，均需要采取对症治疗。总之，怀孕早期孕酮低需要及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行相应的治疗和处理。