治灰指甲最佳的办法通常需要综合治疗，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式。一般来说，外用药物治疗可能需要较长时间，而口服抗真菌药物见效相对快些，但要注意药物的适用情况等。
外用药物治疗
局部涂抹药物： 可以使用阿莫罗芬搽剂，它能在指甲表面形成药膜，抑制真菌生长。每周使用1 - 2次即可，但需要坚持使用几个月，一般要持续3 - 6个月甚至更久，因为指甲生长比较缓慢，新的指甲长出才能完全替代病甲。复方水杨酸甲酯乳膏搭配： 复方水杨酸甲酯乳膏有一定的角质剥脱作用，能帮助软化病甲，配合抗真菌药物使用，能让药物更好地渗透到病甲下发挥作用，但使用时要注意避免接触到周围正常皮肤，以免引起刺激。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它是通过抑制真菌细胞的麦角固醇合成，从而达到抗真菌效果。不过，使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬： 每天口服一次，一般需要连续服用3个月左右。它能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的重要环节，起到抗真菌作用。同样，服用前也需要关注肝功能情况，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲可以考虑拔甲。不过拔甲后要注意伤口护理，防止感染，而且拔甲后新长出的指甲也有再次感染真菌的可能。一般拔甲后需要配合抗真菌药物治疗，整个恢复过程大概需要几个月时间，期间要保持指甲周围清洁干燥。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境，抑制真菌生长。激光治疗相对痛苦较小，但可能需要多次治疗，一般每次治疗间隔几周，具体次数要根据病情严重程度而定，而且激光治疗费用相对较高。