肠胃炎的治疗药物需根据具体症状选择，一般来说，缓解腹泻可使用蒙脱石散等，这类药物能在肠道形成保护膜，通常服用后1-2天可见效。
止泻药物：
蒙脱石散： 它能吸附肠道内的病菌和毒素，帮助缓解腹泻症状。成人每次服用1袋（3克），儿童需按年龄减量服用。黄连素： 具有一定的抑菌作用，对肠道细菌感染引起的肠胃炎导致的腹泻有一定疗效，一般每次服用0.1-0.3克，每日3次。
缓解腹痛药物：
颠茄片： 可以解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解肠胃炎引起的腹痛。成人一次服用1-2片，每日3次，但青光眼患者禁用。山莨菪碱片： 能松弛平滑肌，减轻胃肠道痉挛性疼痛，成人每次5-10毫克，每日3次，反流性食管炎患者慎用。
调节肠道菌群药物：
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌等有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠胃炎引起的肠道功能紊乱。一般成人一次2-3片，一日3次，冷藏保存。枯草杆菌二联活菌颗粒： 可补充肠道有益菌，促进肠道恢复正常菌群状态，儿童可服用，一次1袋，一日1-2次，用低于40℃的温水或牛奶冲服。
抗感染药物：
如果是细菌感染引起的肠胃炎，可使用抗生素，如诺氟沙星，但18岁以下青少年禁用，因为可能影响软骨发育。对于细菌感染较轻的情况，也可考虑使用小檗碱（黄连素的主要成分之一），不过其抗菌作用相对较弱。如果是病毒感染引起的肠胃炎，一般不需要使用抗感染药物，主要以对症治疗为主。