治疗肠胃炎常用的药物有几类，比如针对感染性肠胃炎的抗生素，一般来说，常用的抗生素如诺氟沙星等，可用于细菌感染引起的肠胃炎，但需要在医生判断有细菌感染指征时使用。而对于非感染性肠胃炎，常用的药物有胃黏膜保护剂，像铝碳酸镁，能保护胃黏膜免受刺激；还有抑制胃酸分泌的药物，例如奥美拉唑，可减少胃酸对胃黏膜的刺激。
一、抗感染药物
细菌感染相关：如果肠胃炎是由细菌感染引起，常用诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但18岁以下青少年禁用，因为可能影响软骨发育。对于一些革兰氏阳性菌感染导致的肠胃炎，还可能用到阿莫西林等青霉素类药物，但使用前需确认患者无青霉素过敏史。病毒感染相关：若为病毒感染引起的肠胃炎，一般不需要使用抗病毒药物，主要是对症支持治疗，因为目前针对多数引起肠胃炎的病毒尚无特效抗病毒药物，多靠自身免疫慢慢恢复。
二、止泻药物
蒙脱石散：这是常用的止泻药，它可以吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻作用。成人及儿童都能使用，将蒙脱石散溶于水中服用即可。一般服用后1 - 2天左右能看到止泻效果，但如果服用2天后腹泻仍无改善，需及时就医。黄连素：黄连素也有一定的止泻作用，对于肠道细菌感染引起的轻度腹泻有一定疗效，副作用相对较小，成人常用剂量一般是一次2 - 3片，一天3次，但孕妇慎用。
三、调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片：该药物含有双歧杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠胃炎导致的肠道菌群失调情况。儿童可以服用，一般用温水送服，不过要注意储存条件，需冷藏保存以保持活菌活性。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：同样是调节肠道菌群的药物，可用于治疗因肠道菌群失调引起的肠胃炎，成人每次服用1 - 2粒，一天3次，它对儿童也适用，但服用时也要注意避免与抗菌药物同时服用，若必须同时用，需间隔2 - 3小时。