卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有可能在2-3个月经周期后自行消失，可不做特殊处理，定期复查超声观察即可。
生理性囊肿的观察随访
无症状小囊肿： 对于直径小于5厘米的生理性卵巢囊肿，比如滤泡囊肿、黄体囊肿等，通常不需要马上治疗，一般建议在月经干净后复查超声，因为生理性囊肿往往会随月经周期变化，多数在2 - 3个月经周期内可自行消退。定期复查频率： 复查间隔一般为1 - 3个月，通过超声观察囊肿大小、形态等变化情况。
病理性囊肿的手术治疗
囊肿较大或持续存在： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者囊肿持续存在超过3个月，考虑为病理性囊肿时，多需要手术治疗。手术方式有卵巢囊肿剥除术和患侧卵巢切除术等。比如卵巢巧克力囊肿（子宫内膜异位囊肿），若囊肿较大且有痛经等明显症状，通常建议手术切除。手术适用情况： 当囊肿怀疑为恶性时，更要及时手术，并且术后可能还需要进一步的化疗等综合治疗。
药物辅助治疗情况
盆腔炎性包块导致的囊肿： 如果卵巢囊肿是由盆腔炎性疾病引起的炎性包块，可在医生指导下使用抗生素进行抗炎治疗。一般会根据药敏试验选择合适的抗生素，如头孢类联合甲硝唑等，经过规范的抗炎治疗，部分炎性囊肿可能缩小。子宫内膜异位症相关囊肿： 对于子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，可使用GnRH - a类药物进行治疗，这类药物能抑制卵巢功能，使异位的子宫内膜萎缩，从而缩小囊肿，但停药后囊肿有可能复发。