胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些相对少见的危害。通常正规操作下，严重危害发生概率较低，大概在千分之几的比例。
检查过程中可能出现的不适
操作时的不适感： 在胃镜检查过程中，可能会让受检者感到恶心、呕吐。比如部分人在镜子通过咽部时，会因为刺激而出现明显的恶心反应，尤其是那些咽喉比较敏感的人。术后的短暂不适： 检查结束后，少数人可能会有咽部不适，像咽部疼痛、异物感等，一般1~2天会自行缓解。这是因为胃镜通过咽部时对黏膜有一定刺激。
特殊人群的风险
高血压患者： 做胃镜时，受检者可能会因为紧张等因素，导致血压短时间升高。有高血压病史的人，如果血压控制不稳定，在检查过程中血压波动可能会比较明显，甚至有引发心脑血管意外的潜在风险，但这种情况发生概率很低，大概在万分之几。心脏病患者： 本身有心脏病的人，比如冠心病患者，胃镜检查时的刺激可能会诱发心律失常等心脏问题。不过在检查前医生会进行评估，如果是病情稳定的患者，风险相对可控。
器械相关的潜在问题
器械损伤黏膜： 虽然概率很低，约为万分之一左右，但胃镜检查时如果操作不熟练或者受检者配合不好，有可能导致食管、胃黏膜的轻微损伤，如擦伤、出血点等。不过这种轻微损伤大多能自行修复。感染风险： 正规医院使用的胃镜都会经过严格消毒，感染的风险非常低，低于百万分之一。但如果是不正规的医疗机构，消毒不严格，就有可能通过胃镜传播肝炎、艾滋病等传染性疾病。