胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些相对少见的危害。总体而言，胃镜检查的危害发生概率较低，大约在1%~2%左右。
操作过程中的不适反应
检查时的不适： 在胃镜检查过程中，可能会让人感到恶心、呕吐，尤其是对于一些咽喉比较敏感的人来说，这种不适感可能会更明显。比如有些患者在插入胃镜时，会出现强烈的恶心反射，导致检查难以顺利进行。检查后的短暂不适： 检查结束后，少数人可能会有咽喉部的疼痛，一般1~2天就能缓解。这是因为胃镜通过咽喉部时对局部黏膜有一定的摩擦。
可能的并发症
出血： 虽然发生概率很低，大约在0.1%左右，但如果患者本身有食管胃底静脉曲张等情况，在胃镜操作过程中可能会导致出血。不过现在的胃镜操作比较规范，医生会尽量避免这种情况的发生。穿孔： 更罕见的并发症，发生率大约在0.01%以下。通常是在患者本身有消化道溃疡、肿瘤等病变，胃镜操作时用力不当等情况下可能发生。比如患者有比较深的溃疡，胃镜插入时可能会导致消化道穿孔，但这种情况通过及时处理大多也能治愈。
特殊人群的风险
老年人： 老年人往往可能伴有心脑血管疾病等基础病，在做胃镜检查时，可能会因为检查引起的应激反应，导致心脑血管事件的发生风险增加。比如本身有冠心病的老人，可能在检查过程中心绞痛发作等。高血压患者： 高血压患者如果血压控制不稳定，在胃镜检查时，由于紧张等因素可能会导致血压进一步升高，不利于血压的控制，甚至可能引发心脑血管意外。所以高血压患者在做胃镜前一定要将血压控制在相对稳定的状态。