慢性肠炎的治疗药物需根据具体病情选择，常用的有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类药物等。一般来说，抗生素如诺氟沙星等可用于细菌感染引起的慢性肠炎，价格因规格等不同有所差异，普通规格的诺氟沙星可能几元到十几元一盒。
抗生素类药物
诺氟沙星：适用于细菌感染导致的慢性肠炎，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，但18岁以下青少年禁用，因为可能影响软骨发育。左氧氟沙星：也是广谱抗菌药，对多种肠道致病菌有抑制作用，不过同样不建议18岁以下人群使用，且有胃肠道反应的可能，如恶心、呕吐等。
止泻类药物
蒙脱石散：能在肠道内形成保护屏障，吸附病原体和毒素，起到止泻作用，成人及儿童都可使用，一般每次服用1袋，用50毫升左右温水冲服。黄连素：具有一定的抑菌作用，也能缓解肠道炎症引起的腹泻，副作用相对较小，常见的不良反应是偶有恶心、呕吐等，但一般不影响继续用药。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，儿童也可服用，服用时需用温水送服，避免水温过高杀死活菌。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：可促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，维持肠道菌群稳态，成人和儿童均可服用，服用时同样要注意水温不能太高。