阴茎根部隐隐作痛可能由睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、尿道炎引发。
一、睾丸炎：这是一种因细菌、病毒、衣原体、支原体等感染导致的感染性疾病，传播途径包括性传播与非性传播。睾丸炎患者常有高热、阴囊疼痛、睾丸肿大等表现，会出现阴茎根部隐隐作痛的状况。
二、附睾炎：是常见的男性生殖系统炎症疾病，多由细菌感染引起，中青年较为多见，常和睾丸炎同时存在。主要症状为附睾肿胀、疼痛，性行为活跃的中年男性更易患病，多数患者会有阴茎根部隐隐作痛的症状。
三、前列腺炎：由病原体感染或不规律性生活、久坐、酗酒等不良生活习惯诱发。患者通常有发热、寒战、骨盆区域疼痛等症状，也会导致阴茎根部隐隐作痛。
四、尿道炎：是指膀胱出口至尿道外口的尿道黏膜发生感染。常见症状有尿道口有分泌物、尿频、尿痛等，也会伴有阴茎根部隐隐作痛。
总之，当出现阴茎根部隐隐作痛时，要考虑可能是上述这些疾病引起的，应及时就医进行相关检查和诊断，以便明确原因并采取合适的治疗措施。