男的小肚子疼可能由多种原因引起。比如泌尿系统问题，像尿道炎，男性患尿道炎时，可能会出现小肚子疼，还常伴有尿频、尿急、尿痛等症状，一般通过尿常规等检查可辅助诊断；还有膀胱炎，也会导致小肚子疼，可能伴有排尿异常等表现。
泌尿系统相关原因
膀胱炎： 除了小肚子疼，还可能有尿频、尿急、尿痛，严重时可能出现血尿。一般通过尿液检查能发现白细胞等异常。尿道炎： 除了小肚子疼，会有尿道刺痒、尿频、尿道分泌物等表现，通过尿道分泌物涂片等检查可帮助诊断。
消化系统相关原因
肠炎： 如细菌性肠炎，多因食用不洁食物引起，会出现小肚子疼，还可能伴有腹泻、腹痛、发热等症状，大便常规等检查可辅助判断。肠痉挛： 可能因腹部着凉、饮食不当等引起，表现为突然发作的阵发性小肚子疼，疼痛程度不一，一般可自行缓解。
男科相关原因
前列腺炎： 常见于中青年男性，小肚子疼是其中一个症状，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽，会阴部坠胀等表现，前列腺液检查等可帮助诊断。附睾炎： 会出现阴囊部位疼痛，可放射至小腹部，伴有阴囊红肿、发热等症状，通过超声等检查可辅助诊断。