真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如皮肤真菌感染，常见的体癣，会在皮肤上出现环形红斑，边缘有丘疹、水疱，伴有瘙痒，一般持续数周甚至数月。
皮肤真菌感染症状
体癣表现： 初期是红色丘疹或小水疱，逐渐向周围扩展成环形或多环形红斑，边界清楚，边缘有丘疹、水疱，中央趋于消退，伴有不同程度的瘙痒。一般好发于面、颈、躯干等部位。手足癣表现： 手癣多单侧发病，初期手掌出现小水疱，干燥后脱屑，逐渐扩展；足癣分为水疱型、糜烂型和鳞屑角化型，水疱型表现为足底或趾间水疱，瘙痒明显；糜烂型常发生在趾间，皮肤浸渍发白，糜烂渗出；鳞屑角化型表现为足底、足缘、足跟部皮肤增厚、粗糙、脱屑。
口腔真菌感染症状
鹅口疮表现： 多见于婴幼儿，口腔黏膜表面覆盖白色乳凝块样小点或小片状物，可逐渐融合成大片，不易擦去，强行剥离后局部黏膜潮红、粗糙，可有溢血。一般不影响吃奶，但严重时会影响进食。口腔念珠菌感染： 成人也可能发生，口腔内有灼热感、疼痛，黏膜充血，有白色假膜。
肺部真菌感染症状
肺曲霉病表现： 过敏性支气管肺曲霉病可出现喘息、咳嗽、咯血等症状；侵袭性肺曲霉病常见发热、咳嗽、咳痰，可为脓血痰，部分患者有胸痛、呼吸困难等。一般有基础疾病的人群更容易发生，如白血病、艾滋病患者等。肺隐球菌病表现： 多数患者无症状，有症状者可表现为咳嗽、咳痰，少数有咯血、发热、胸痛等，严重者呼吸困难。免疫功能低下者感染后症状可能更严重。
阴道真菌感染症状
外阴阴道假丝酵母菌病表现： 主要症状为外阴瘙痒、灼痛，白带增多，呈白色稠厚呈凝乳或豆腐渣样。瘙痒症状时轻时重，严重时坐卧不宁，部分患者有性交痛、尿痛等。一般在月经前后、孕期等抵抗力下降时容易发作。