支气管镜检查是一种相对安全的检查手段，但也可能存在一些危害。一般来说，支气管镜检查的严重并发症发生率较低，大约在0.5%~1%左右，但仍需了解可能出现的情况。
出血风险
鼻腔咽喉部出血： 在支气管镜检查过程中，可能会对鼻腔、咽喉部的黏膜造成一定刺激或损伤，导致少量出血，这种情况较为常见，大多可自行缓解。肺部出血： 比较少见，但如果病变部位血管丰富，或者操作时过于粗暴，可能会引起肺部出血。一般少量的肺部出血可通过药物等方式治疗，严重的肺部出血可能需要进一步处理。
气道反应
咳嗽喘息： 检查时支气管镜刺激气道，可能会引起患者剧烈咳嗽、喘息等症状。尤其是本身气道高反应性的患者，这种反应可能会更明显，一般检查结束后会逐渐缓解，但少数患者可能需要使用药物来缓解症状。支气管痉挛： 个别患者可能在检查后出现支气管痉挛，表现为呼吸困难。如果发生支气管痉挛，医生会及时采取相应措施，如吸入支气管舒张剂等进行处理。
感染风险
呼吸道感染： 虽然概率较低，但支气管镜检查属于侵入性操作，有导致呼吸道感染的可能。尤其是本身存在呼吸道感染风险较高的患者，如年老体弱、免疫功能低下者等，相对更容易发生感染。不过，现在操作过程中会严格遵循无菌操作原则来降低感染风险。
心肺功能影响
心肺功能波动： 对于一些心肺功能较差的患者，支气管镜检查可能会对心肺功能产生一定影响。例如，可能会引起血氧饱和度短暂下降，或者导致心率、血压等出现波动。但一般在检查过程中会有医护人员密切监测，及时处理异常情况。