泌尿系统感染通常由多种因素引起，其中大约50%的女性在一生中会至少发生一次泌尿系统感染。
致病菌入侵
大肠杆菌：这是最常见的引起泌尿系统感染的致病菌，约占尿路感染病原菌的80%左右。它容易从尿道口逆行进入泌尿系统，尤其是女性的尿道短而直，更易让大肠杆菌得逞。比如女性在性生活后，就比较容易因为大肠杆菌的入侵引发感染。其他病菌：变形杆菌、克雷伯菌等也可能导致泌尿系统感染。变形杆菌常存在于肠道中，当人体抵抗力下降时，它可能迁移到泌尿系统引发感染；克雷伯菌则在尿路梗阻等情况下容易滋生并引起感染。
尿路梗阻因素
结石阻塞：泌尿系统结石，像肾结石、输尿管结石等，会阻碍尿液的正常排出。当尿液排出不畅时，细菌就容易在局部滋生繁殖，从而引发感染。例如，有肾结石的患者，尿液流动受阻，细菌更容易在肾脏或尿路其他部位定植。前列腺增生：多见于中老年男性，增生的前列腺会压迫尿道，导致尿液排出困难。尿液长时间滞留，为细菌的生长提供了有利环境，进而增加了泌尿系统感染的风险。
机体免疫力低下
糖尿病患者：糖尿病患者由于血糖水平较高，尿液中葡萄糖含量也升高，这为细菌提供了良好的培养基，使得细菌容易生长繁殖。而且糖尿病患者的机体免疫力相对较低，对细菌的清除能力减弱，所以更容易发生泌尿系统感染。据统计，约有20% - 40%的糖尿病患者会发生泌尿系统感染。长期使用免疫抑制剂者：比如器官移植后需要长期使用免疫抑制剂来防止排斥反应的患者，他们的机体免疫力受到抑制，对病菌的抵御能力下降，泌尿系统感染的发生率会明显增加。