马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗。一般来说，使用抗真菌药物规范治疗，多数患者可在数周内改善症状。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂：可先用酮康唑洗剂清洗患处，能抑制马拉色菌生长。它可以在洗澡时涂抹在患处，停留5 - 10分钟后冲洗掉，每周使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，局部涂抹于患处，一天使用1次即可。它能通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌作用。
口服抗真菌药物情况
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药，对马拉色菌有较好的抑制效果。但需要注意，肝功能异常者要慎用。一般疗程需要数周，具体要根据病情由医生判断。氟康唑：也可用于马拉色菌毛囊炎的治疗，同样要关注肝功能等情况，口服剂量和疗程需遵医嘱。
日常护理注意事项
保持皮肤清洁干燥：患者要经常洗澡，尤其是出汗后及时清洁皮肤，洗澡后要用干净的毛巾擦干身体，保持皮肤干爽，因为马拉色菌在潮湿环境中容易繁殖。避免搔抓：患病部位不要用手搔抓，防止皮肤破损引发继发感染。而且搔抓可能会导致马拉色菌扩散，加重病情。注意衣物材质：穿着透气性好的棉质衣物，避免穿化纤等不透气的衣物，减少皮肤局部的闷热潮湿环境，不利于马拉色菌生长。饮食方面：尽量少吃辛辣、油腻的食物，这些食物可能会加重皮肤油脂分泌，为马拉色菌提供更适宜的生长环境。例如油炸食品、辣椒等要适量控制摄入。
特殊人群需注意
儿童患者：儿童患马拉色菌毛囊炎时，使用抗真菌药物要更加谨慎。一般外用药物相对更安全，如病情需要口服药物，必须在医生严格评估下进行，因为儿童的肝肾功能等发育尚未完全成熟，药物代谢等与成人有差异。孕妇患者：孕妇得了马拉色菌毛囊炎，外用药物相对更安全，如酮康唑洗剂等可以在医生指导下使用。口服抗真菌药物通常不建议使用，以免对胎儿造成不良影响，必须用药时要充分权衡利弊后由医生决定。