治疗灰指甲常用的药物主要有口服抗真菌药和外用抗真菌药。口服抗真菌药中，伊曲康唑是比较常用的，一般采用冲击疗法，一个疗程大概需要几个月时间。而外用抗真菌药比如阿莫罗芬搽剂，需要坚持使用较长时间才能看到效果。
口服抗真菌药情况
伊曲康唑：它是脂溶性药物，需要餐后立即服用，以提高药物吸收率。一般采用间歇冲击疗法，例如冲击治疗甲癣时，每次200mg，每天2次，连服1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过，肝功能异常者需要慎用。特比萘芬：它是一种口服广谱抗真菌药，每天服用250mg，指甲癣一般需要连续服用6 - 12周，趾甲癣则需要连续服用12 - 16周。但有严重肝肾功能不全者要谨慎使用。
外用抗真菌药情况
阿莫罗芬搽剂：每周使用1 - 2次，在用药前需要将病甲尽量锉薄，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上。一般需要连续使用6个月左右，对于趾甲癣可能需要更长时间。不过，对阿莫罗芬过敏者禁用。环吡酮胺乳膏：可以直接涂抹在病甲上，每天使用1 - 2次，需要持续使用数月。当皮肤有破损时要避免使用该药物。
特殊人群用药注意事项
孕妇和哺乳期妇女：口服抗真菌药可能会对胎儿或婴儿产生不良影响，所以孕妇和哺乳期妇女一般不建议使用口服抗真菌药治疗灰指甲，可优先考虑外用药物，但也需要在医生指导下谨慎选择。肝肾功能不全者：由于口服抗真菌药需要经过肝脏代谢和肾脏排泄，肝肾功能不全者使用口服抗真菌药时，药物容易在体内蓄积，增加不良反应的发生风险，所以这类人群使用口服药要特别谨慎，可能更适合选择外用药物或者在严密监测肝肾功能下使用口服药。