小脑萎缩的病因较为复杂，可能由多种因素引起。其中，遗传因素是一个重要方面，约有5%-10%的小脑萎缩患者是由遗传基因突变导致的，比如脊髓小脑性共济失调相关基因发生突变就可能引发小脑萎缩。
遗传因素导致
某些基因缺陷： 像常染色体显性遗传的脊髓小脑性共济失调，其相关基因存在特定的突变情况，会使患者从青壮年时期开始逐渐出现小脑萎缩，进而影响运动协调等功能。
神经系统疾病引发
多发性硬化： 这是一种中枢神经系统炎性脱髓鞘疾病，当病变累及小脑部位时，随着病情进展，可能会引起小脑萎缩，患者会出现共济失调、眼球震颤等表现。帕金森病晚期： 帕金森病是常见的神经系统退行性疾病，部分患者在疾病晚期会出现小脑萎缩的情况，导致平衡障碍等问题加重。
中毒因素所致
酒精中毒： 长期大量饮酒的人，酒精会对小脑产生毒性作用，长期累积可引起小脑萎缩。一般饮酒10年以上且每天饮酒量较大（比如每天摄入酒精量超过40克）的人群，发生小脑萎缩的风险明显增高。患者会出现步态不稳、动作不协调等症状。药物中毒： 某些药物长期使用也可能导致小脑萎缩，比如长期大量使用抗癫痫药物苯妥英钠，可能会引起小脑及前庭系统病变，进而出现小脑萎缩相关表现。
其他因素影响
头颅外伤： 严重的头颅外伤，尤其是累及小脑部位的外伤，可能会导致小脑组织受损，后续逐渐出现小脑萎缩。比如因车祸等导致头部受伤，伤及小脑区域，之后检查发现小脑体积缩小。营养不良： 长期营养不良，特别是缺乏维生素B1等营养物质时，也可能影响小脑的正常结构和功能，增加小脑萎缩的发生风险。比如一些长期偏食、患有慢性消耗性疾病导致营养不良的人群，容易出现神经系统相关病变包括小脑萎缩。