男性生殖器疼痛的原因包括尿道病变、海绵体病变、外伤等。
一、尿道病变：部分男性患者存在尿道炎、尿道结石、尿道肿瘤等尿道病变情况。这些病变可能引发尿道持续性疼痛，且疼痛可放射至龟头，甚至引起海绵体疼痛。同时，往往还伴有尿频、尿急、血尿等症状表现。一旦出现此类症状，就需要前往医院进一步做尿常规、泌尿系统B超等检查项目，以明确具体病因。
二、海绵体病变：有些男性若有海绵体感染、海绵体硬化等病症，均会导致疼痛出现，还可能伴有勃起功能障碍或勃起时疼痛。需要到正规医院进行血常规化验，并接受海绵体超声检查来明确病因。
三、外伤：当生殖器受到外界打击时，就会产生疼痛，通常有明确的受伤经过。如果造成了白膜损伤即断裂，甚至需要进行急诊手术治疗。
所以，当男性出现生殖器疼痛时，建议到医院泌尿外科进行检查，在专业医生的详细检查下明确病因，并遵医嘱进行相应治疗。
总结：男性生殖器疼痛可能由多种原因引起，主要有尿道病变、海绵体病变和外伤等。当出现疼痛时要及时就医检查和诊断，以便采取合适的治疗措施。