扁桃体肥大的治疗需根据具体情况来定。一般来说，轻度的扁桃体肥大如果没有明显症状，可能不需要特殊治疗，但如果出现反复感染、影响呼吸等情况则需要干预。
观察等待情况
如果扁桃体肥大程度较轻，孩子没有出现呼吸不畅、睡眠打鼾等明显不适症状，且扁桃体炎发作不频繁，比如一年发作次数少于3 - 4次，这时候可以选择观察等待。要让孩子注意休息，保证充足睡眠，适当增加饮水量，保持口腔清洁，增强机体抵抗力，部分孩子的扁桃体肥大可能会随着年龄增长而有所缓解。
药物治疗方面
当扁桃体肥大是由炎症引起时，可能会使用抗生素治疗。比如由细菌感染导致扁桃体炎进而引起扁桃体肥大，常用青霉素类抗生素，像阿莫西林等。但使用抗生素需要在医生指导下进行，要根据病情合理选用，不能自行滥用。不过药物治疗主要是针对炎症期的控制，对于已经肥大较明显且药物治疗效果不佳的情况，单纯药物治疗很难让肥大的扁桃体缩小到正常。
手术治疗情况
如果扁桃体肥大非常严重，已经严重影响呼吸，出现睡眠中频繁打鼾、呼吸暂停等情况，或者扁桃体炎反复发作，一年发作次数达7 - 8次及以上，严重影响孩子的生活质量和生长发育，这时候可能需要考虑手术治疗。手术一般是切除肥大的扁桃体，目前多采用低温等离子消融术等较为微创的手术方式。但手术也有一定的适应证和禁忌证，比如孩子在扁桃体炎急性发作期不能马上手术，需要炎症消退一段时间后才能进行手术，而且手术前要进行全面的评估，包括心肺功能等检查，确保孩子能够耐受手术。