肝内血管瘤的病因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下几方面因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致肝脏内部分血管结构发生改变，逐渐形成血管瘤，这是较为常见的一种可能因素。
先天发育因素相关
血管形成异常： 在胚胎早期，肝脏血管的发育处于一个复杂的动态过程中，如果在这个过程中出现某些基因调控的异常，就可能使得血管内皮细胞的增殖和分化出现偏差，进而形成肝内血管瘤。例如，某些与血管生成相关的基因发生突变或表达异常，就可能影响血管的正常发育。胚胎期血管组织分化异常： 胚胎时期，肝脏的血管组织需要精确地分化形成正常的血管网络。如果在分化过程中受到一些内在或外在因素的干扰，比如某些生长因子分泌失衡等情况，就可能导致局部血管组织异常分化，逐渐发展为血管瘤。
激素水平影响
女性激素相关： 临床观察发现，肝内血管瘤在女性中的发生率相对较高，尤其是在青春期、孕期等女性激素水平变化较大的时期，血管瘤有增大的趋势。这提示女性激素可能对肝内血管瘤的发生发展有一定影响。比如，雌激素可能会刺激血管内皮细胞的增殖，从而促进血管瘤的形成或使其生长加快。其他激素因素： 除了女性激素外，其他一些激素水平的变化也可能与肝内血管瘤的发生有关，但目前对于具体的作用机制还需要进一步深入研究。不过可以确定的是，激素水平的波动在肝内血管瘤的病因中起到了一定作用。
其他潜在因素
肝内毛细血管感染后变形： 有研究推测，肝脏内的毛细血管在受到感染等因素影响后，可能会发生变形，导致血管的结构和功能出现异常，进而逐渐形成血管瘤。例如，肝脏局部曾经发生过一些炎症反应，影响了毛细血管的正常形态和功能，使得血管逐渐扩张、增生形成血管瘤。肝组织局部坏死后血管扩张形成空泡状： 当肝脏局部组织发生坏死等情况后，周围的血管可能会出现扩张以填补局部的组织空缺，长期如此就可能形成类似血管瘤的结构。这种血管的代偿性扩张和增生可能是肝内血管瘤形成的一个潜在因素。