如果新生儿肠炎反复发作，就需要积极探寻病因，并采取相应举措。具体如下：
一、若肠炎是由病毒感染引起，由于病毒传染性较强，在治疗期间要做好隔离工作，以防出现二次感染。病毒感染导致的肠炎可能会引发一系列症状，比如腹泻、呕吐等，对新生儿的健康造成较大影响。所以做好隔离能有效避免病毒的进一步传播，保护患儿以及周围人的健康。
二、要是肠炎是因细菌感染引发，长期使用抗菌药物可能会继发抗菌素相关性腹泻，此时就需要停止或调整抗菌药物，并加服微生态制剂。因为细菌感染后的不当用药可能带来新的问题，及时调整药物能更好地应对病情变化，而微生态制剂可以帮助调节肠道菌群平衡，促进肠道功能的恢复。
三、对于那些属于迁延性慢性腹泻的患儿，必须进行彻底治疗，以避免肠炎反复出现。这类患儿的病情相对复杂，需要更加系统全面的治疗方案，以确保能有效控制肠炎，防止其频繁发作给患儿带来持续的不适和健康风险。
四、部分患儿存在免疫缺陷，容易反复出现消化道感染，这就需要进行免疫指标检测，评估患儿的免疫状态。必要时还需完善相关基因筛查，明确病因，积极开展对症支持治疗。因为免疫缺陷会导致患儿对感染的抵抗力较弱，只有通过检测了解具体情况，才能采取针对性的措施来改善免疫功能，从根源上解决问题。
总之，对于新生儿肠炎反复发作的情况，要从多方面进行细致分析和处理，找到关键原因并采取合适的方法加以应对，以保障新生儿的健康成长。